La flore intestinale ou microbiote intestinal est l'ensemble des bactéries, virus, champignons, levures, archées et parasites qui peuplent l'intestin.

Dans l'écosystème intestinal, la flore indigène est principalement acquise au cours de la première année de vie et est propre à chaque individu ; la flore transitoire colonise l'intestin par intermittence et se compose de micro-organismes potentiellement pathogènes et non pathogènes.

Le microbiote intestinal a différentes fonctions dans notre organisme, parmi lesquelles on peut souligner :

  • La fonction métabolique : Le microbiote est chargé de favoriser la digestion d'aliments qui seraient autrement indigestes pour l'homme. Il favorise également l'absorption des nutriments (acides aminés, sucres, vitamines, etc.) par les cellules de l'intestin et participe à la synthèse de métabolites importants (acides gras à chaîne courte, vitamine K, vitamine B12, vitamine B8).
  • La fonction de barrière : certains produits sécrétés par le microbiote, comme les toxines, contribuent à défendre l'organisme contre les micro-organismes pathogènes et opportunistes. De plus, certaines espèces génèrent un mucus qui protège la muqueuse intestinale et l'empêche d'être perméable à d'autres micro-organismes potentiellement pathogènes ou à des aliments non digérés.
  • La fonction de défense : Il favorise le développement et l'activation du système immunitaire intestinal, en exerçant un effet immunomodulateur et en préparant notre organisme à se défendre contre les infections.
  • La fonction d'entretien : contribuer à la maturation du tube digestif, en maintenant la muqueuse intestinale et la lumière de l'intestin exemptes de résidus et de déchets.

Le microbiote intestinal remplit donc un grand nombre de fonctions essentielles pour le maintien de la santé intestinale et systémique. Ainsi, les changements quantitatifs et qualitatifs de la flore intestinale, de son activité métabolique et/ou fonctionnelle, ou de sa distribution locale, connus sous le nom de dysbiose intestinaleprovoquent de graves perturbations dans l'organisme.

Ce déséquilibre est lié à la pathogenèse de nombreuses maladies, non seulement au niveau digestif, mais aussi au niveau du niveau digestif (maladies inflammatoires de l'intestin, syndrome du côlon irritable, maladie cœliaque, pathologie biliaire, etc.) mais aussi des maladies systémiques ou extradigestives maladies systémiques ou extra-digestives (syndrome métabolique, asthme, urticaire, migraines, maladie d'Alzheimer, autisme, maladie de Parkinson, etc.) Et chaque semaine, de nouvelles relations sont découvertes entre diverses pathologies et le microbiote intestinal.

Lorsque cette dysbiose est liée à un trouble de la surprolifération des micro-organismes dans notre intestin, on distingue selon la zone où elle apparaît et les propriétés de la flore surproliférative :

  • SIBO :(Croissance bactérienne de l'intestin grêle) : Croissance bactérienne de l'intestin grêle.
  • SIMO :(Small Intestinal Methanogenic Overgrowth) : Croissanceméthanogène de l'intestin grêle.
  • LIBO :(Large Intestinal Bacterial Overgrowth) : prolifération bactérienne dans le gros intestin ou le côlon.
  • LIMO :(Large Intestinal Methanogenic Overgrowth) : Croissance méthanogène de l'intestin grêle.
  • FIFO : Mycose (prolifération de champignons et de levures)
  • Parasitose
  • Virose